Trường Đại học Y tế Công cộng tiền thân là Khoa Y tế công cộng được thành lập năm 1990 trên cơ sở sáp nhập thêm 3 trường: Trường Cán bộ quản lý Y tế, Bộ môn Vệ sinh dịch tễ Trường Đại học Y Hà Nội và Trung tâm Nhân lực Y tế. Trụ sở đầu tiên của Khoa đóng tại Trường cán bộ quản lý Y tế.

Ngày 26 tháng 4 năm 2001, Thủ tướng chính phủ Phan Văn Khải đã ra Quyết định số 65/2001/QĐ-TTg thành lập trường Đại học Y tế Công Cộng, trụ sở của Trường được chuyển về số 138B đường Giảng Võ, phường Kim Mã, quận Ba Đình, thành phố Hà Nội.

Ngày 16 tháng 7 năm 2016, trường y tế công cộng được khánh thành trụ sở mới tại số 1A, đường Đức Thắng, phường Đức Thắng, quận Bắc Từ Liêm, thành phố Hà Nội theo hợp đồng hợp tác chuyển giao BT theo hình thức đổi đất lấy hạ tầng.[2]